Mit seinem Nachfolger Heinrich III, der 17 Jahre bis 1056 an der Macht war, wuchs die Macht des weltlichen Herrschers noch mehr. Er verzichtete auf Simonie und gab damit eine einträgliche Geldquelle auf. Seine Macht als Chef der Reformbewegung und Weltherrscher kam 1046 zum Ausdruck, als er auf der Synode von Sutri alle drei römische Papste, auch den Reformpapst wegen Simonie absetzte und Clemens IX ernannte.

Zwischen Papst und Kaiser waren die Spannungen noch klein, wuchsen aber, da der Papst den Einfluß des Kaisers aus der Kirche wegzudrängen versuchte. D ie Bischöfe waren wegen der Beschneidung ihrer Machtbereiche unzufrieden.

Nach seinem Tod und der schwachen Vormundschaftregierung seiner Frau für seinen 6 Jahre alten Sohn wurde das Papsttum offensiv. Der gesalbte Kaiser wurde zum Laien herabgesetzt, er d urfte nicht mehr investieren und solle mit dem Papstwahldekret von 1059 auch keinen Einfluß mehr auf die Papstwahl bekommen. Papst Nikolaus sprach ihm nur „honor et reverentis“ zu. Außerdem stieg die Macht des Papsttums mit der Unterstützung der Normannen.

Dieses stiess nicht auf Wohlgefallen bei dem nunmehr regierenden Heinrich IV. Nach dem Frieden von Gerstungen 1074 sah er sich so mächtig, dass er den Bischof von Mailand absetzte. Als Antwort auf die Schroffe Ermahnung des reformfreudigen Papstes Gregor VII forderte Heinrich IV ihn 1076auf, als Papst abzudanken.

Die Kirche fühlte sich aber so stark, dass Gregor Heinrich 1077 mit einem Gebet an den Apostel Petrus exkommunizierte und daraufhin die mit heinrich verbündeten Fürsten und Bischöfe auf die Seite Gregors rückten.

Nur durch den untergebenden Bußgang bei Canossa wurde Heinrich wieder in die Gemainschaft der Christenheit aufgenommen, aber trotzdem war Heinrichs Bußgang taktisch klug.

Da Heinrich nicht mit der Investitur aufhört, wird er wieder geächtet, was aber unbeachtet blieb. Nachdem sich Heinrich vom Gegenpapst Clemens III zum Kaiser krönen ließ und die Normannen die Stadt Rom plünderten, floh Gregor nach Salerno, wo er verlassen starb. 1111 wollten Heinrich V und Papst Paschalis II auf Kosten der Bischöfe in Ponte Mammolo einen Ausgleich schaffen. Dieses Vorhaben scheiterte aber und erst 1122 beim Wormser Konkordat schließen der Kaiser und Papst Kalixt II einen Vetrag, der die weltlichen lirchlichen Einflußbereiche trennt. Der Kaiser verzichtet auf die Investitur mit geistlichen Symbolen und beeinflusst im Gegenzug die Papstwahl nur durch seine Anwesenheit.