Undoubtedly, the development of Conceptual Biology, which uses text-mining applications specific to biology is the only way to cope with the increasing amount of free textual data produced in this field. The increasing interest of users in efficiently retrieving and extracting relevant information, the need to keep up with new discoveries described in the literature or in biological databases, and the demands posed by the analysis of high throughput experiments, are the underlying forces motivating the development of Conceptual Biology tools, such as text-mining applications in molecular biology. Therefore the methods of Conceptual Biology have been used for this study to test the hypothesis, that genetically modified foods have no impact on public health. We studied the records of databases and those ones of Literature Based Discovery tools. After the binary scoring of the records with respect to their usefulness, they were also classified by their positive, neutral or negative conclusions with respect to the effect of genetically modified food on public health. In conclusion, we have to deny the hypothesis and therefore to state that genetically modified foods have an impact on public health. Further studies in conceptual biology may focus what kind of impact genetically modified food has on public health.
Inhaltsverzeichnis
1. Abstract
2. Introduction
3. The scientific problem
4. Materials and Methods
4.1 MeSH (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query.fcgi?db=mesh)
4.2 Using databases
4.3 Using Literature Discovery Tools
4.3.1 Arrowsmith
4.3.2 BioRAT
4.3.3 BITOLA
4.3.4 Manjal
4.3.5 LitLinker
5. Evaluation and Interpretation
6. Results
7. Discussion
8. References
Zielsetzung & Themen
Die vorliegende Arbeit untersucht das Potenzial der "Conceptual Biology" und von textbasierten Wissensentdeckungswerkzeugen (Literature Based Discovery, LBD), um wissenschaftliche Hypothesen durch die Verknüpfung fragmentierter Forschungsdaten zu testen. Das primäre Ziel ist die Überprüfung der Hypothese, dass gentechnisch veränderte Lebensmittel keine Auswirkungen auf die öffentliche Gesundheit haben, indem Zusammenhänge zwischen bisher isolierten wissenschaftlichen Fachbereichen exploriert werden.
- Anwendung von "Conceptual Biology" und Text-Mining-Methoden
- Einsatz und Vergleich verschiedener Literature Based Discovery Tools (Arrowsmith, BioRAT, BITOLA, Manjal, LitLinker)
- Methodik zur objektiven Bewertung und Klassifizierung wissenschaftlicher Publikationen
- Analyse der Auswirkungen gentechnisch veränderter Nahrungsmittel auf die menschliche Gesundheit
- Diskussion über die Relevanz interdisziplinärer Datenverknüpfungen in der biomedizinischen Forschung
Auszug aus dem Buch
4.3 Using Literature Discovery Tools
"We think too small. Like the frog at the bottom of the well. He thinks the sky is only as big as the top of the well. If he surfaced, he would have an entirely different view." - Mao Tse Tung -
A program or approach is knowledge driven if it uses relatively general knowledge (including knowledge of how to search combinatorial spaces) as a main source of power. A data-driven program instead relies on specific measurements, statistics, or examples. Most approaches are some combination of both.
A same task might be approached in either way: consider a chess program that bases its next move either on matching against a large database of examples of previous positions and good moves, or on general heuristics about strategy and tactics combined with a search over possible successive moves.
The input to a data-driven program can be megabytes of data, whereas the input to a knowledge driven program could be a mere few lines. Depending on the specifics of the problem, either might take longer to run.
Zusammenfassung der Kapitel
1. Abstract: Gibt einen Überblick über die Anwendung der Conceptual Biology zur Überprüfung der Auswirkungen gentechnisch veränderter Lebensmittel auf die öffentliche Gesundheit.
2. Introduction: Beschreibt die zunehmende Fragmentierung der wissenschaftlichen Literatur und die Notwendigkeit von LBD-Tools, um neues Wissen aus vorhandenen Daten zu generieren.
3. The scientific problem: Definiert die spezifische Forschungsaufgabe, die Hypothese über die Auswirkungen gentechnisch veränderter Lebensmittel auf die Gesundheit zu testen.
4. Materials and Methods: Erläutert die eingesetzten Datenbanken (wie Medline, Web of Science) und die verschiedenen Literature Discovery Tools wie Arrowsmith, BioRAT und BITOLA.
5. Evaluation and Interpretation: Stellt die Kriterien vor, nach denen die gefundenen Forschungsarbeiten zur Überprüfung der Hypothese bewertet und klassifiziert wurden.
6. Results: Präsentiert die Ergebnisse der durchgeführten Suchläufe und die identifizierten Zusammenhänge zwischen den verschiedenen Fachbegriffen.
7. Discussion: Reflektiert die Ergebnisse, stellt die Bedeutung der LBD-Methodik heraus und diskutiert die Herausforderungen bei der Arbeit mit unvollständigen oder fragmentierten Datenbeständen.
8. References: Listet die verwendeten wissenschaftlichen Quellen und Literaturangaben der Arbeit auf.
Schlüsselwörter
Conceptual Biology, Text-Mining, Literature Based Discovery, LBD, Gentechnisch veränderte Lebensmittel, Public Health, Medline, Arrowsmith, BioRAT, BITOLA, Manjal, LitLinker, Wissensentdeckung, Biomedizin, Hypothesentestung
Häufig gestellte Fragen
Worum geht es in dieser Arbeit grundsätzlich?
Die Arbeit beschäftigt sich mit der Anwendung methodischer Ansätze der "Conceptual Biology", um in der überbordenden Menge wissenschaftlicher Fachliteratur verborgene Zusammenhänge zu finden und Hypothesen zu testen.
Was sind die zentralen Themenfelder?
Die Schwerpunkte liegen auf der biomedizinischen Forschung, der Bioinformatik, dem Einsatz von Text-Mining-Tools zur Wissensentdeckung sowie der kritischen Analyse der Auswirkungen gentechnisch veränderter Nahrungsmittel.
Was ist das primäre Ziel der Untersuchung?
Das Ziel ist es, durch die Verknüpfung von wissenschaftlichen Publikationen, die sich mit scheinbar nicht zusammenhängenden Themen befassen, die Hypothese zu prüfen, ob gentechnisch veränderte Lebensmittel die öffentliche Gesundheit beeinflussen.
Welche wissenschaftliche Methode wird verwendet?
Es wird die Methodik der "Literature Based Discovery" (LBD) verwendet, bei der verschiedene Software-Tools genutzt werden, um nach expliziten und impliziten Verbindungen in Datenbanken wie Medline zu suchen.
Was wird im Hauptteil behandelt?
Der Hauptteil befasst sich mit der Vorstellung der verschiedenen LBD-Werkzeuge (z.B. Arrowsmith, BioRAT), der detaillierten Beschreibung des Suchprozesses und der objektiven Bewertung der gefundenen Studien mittels eines Punktesystems.
Welche Schlüsselwörter charakterisieren die Arbeit?
Die Arbeit ist zentral durch Begriffe wie Conceptual Biology, Text-Mining, LBD-Tools, Wissensentdeckung, gentechnisch veränderte Lebensmittel und Public Health charakterisiert.
Warum konnte das LBD-Tool "BITOLA" für bestimmte Suchen nicht eingesetzt werden?
Das Tool benötigte zu Beginn Informationen über spezifisch veränderte Gene, die mit Krankheiten korrelieren, was zu diesem Zeitpunkt nicht in ausreichendem Maße verfügbar war, weshalb BITOLA später ausgeschlossen wurde.
Welche Rolle spielt die "objektive Bewertung" der Papiere?
Die Bewertung anhand von acht Kriterien war entscheidend, um die Relevanz und Zuverlässigkeit der gefundenen Literatur zu prüfen und sicherzustellen, dass nur wissenschaftlich fundierte und unabhängige Arbeiten in die Auswertung einfließen.
Was war ein überraschendes Ergebnis der Recherche?
Überraschend war die Diskrepanz zwischen den Ergebnissen der reinen Medline-Suche und den Ergebnissen, die durch die LBD-Tools gefunden wurden, was die Leistungsfähigkeit dieser neuen Methoden unterstreicht.
- Arbeit zitieren
- Yvonne Papadopoulos (Autor:in), 2006, Testing a hypothesis with the methods of conceptual biology, München, GRIN Verlag, https://www.grin.com/document/132062
