Strukturmodellierung und Docking. Gen: Zebrafink XP_002187388

Inhalt

1 Einleitung

2 Erstellung des Modells eines Opioid-Rezeptors sowie Simulation der Bindung von Agonis-ten und Antagonisten
2.1 Sekundärstrukturanalyse
2.1.1 Sequenzalignment, Scoring Funktion, Scoring Matrix
2.1.2 Unterschied lokales – globales Alignment
2.1.3 Betrachtung der Aminosäuresequenz sowie Vorhersage der Sekundärstruktur
2.1.4 Erstellung einer Vorhersage für transmembrane Proteine mithilfe von Transmem
2.1.5 Erstellung eines Sequenzalignments von 2RH1 und 4DKL
2.1.6 Erstellung eines Sequenzalignments von 4DKL sowie 2IQO (transmembraner Teil eines GPCRs)
2.2 Homologiemodell
2.2.1 paarweises und multiples Alignment
2.2.2 + 2.2.3 Unterschied von BLAST produzierten Alignments und multiplem Alignment sowie Funktionsweise von BLAST
2.2.4 Beschreibung des Ramachandran-Plots
2.2.5 Schwierigkeit der Erstellung eines Homologiemodells für ein TM-Protein
2.2.6 Vergleich der Sequenz des Rezeptors des Zebrafinken und von 4DKL
2.2.7 Erstellung eines multiplen Sequenz- und Strukturalignment mithilfe von BLAST
2.2.8 Erstellung von Homologiemodellen der drei Templates
2.2.9 Berechnung der RMSD-Werte ausgehend von den Homologiemodellen und den Templates
2.2.10 Evaluierung und Verbesserung des Homologiemodells
2.3 Docking
2.3.1 Zwei Bestandteile des molekularen Dockings
2.3.2 Unterschied zwischen starrem und flexiblem Docking
2.3.3 Probleme und Ursachen beim Docking
2.3.4 Berechnungen mithilfe der Scoring-Funktion
2.3.5 Aufbau der PLP-Funktion
2.3.6 Kürzung des Terminus bei Met-Enkephalin
2.3.7 Docking eines Agonisten mit anschließender Dynamiksimulation und darauffolgendem Vergleich der Strukturen
2.3.8 Gedockte Positionen stimmen schlecht mit der Kristallstruktur überein - Darlegung bestimmter Berücksichtigungen
2.3.9 Selektivität von Naltrindole
2.3.10 Feedback

3 Literatur