Ce présent travail à pour objectif d’initier la recherche in silico des gènes et des protéines en relation avec la salinité (stress salin) chez l’espèce diploïde qui est la légumineuse modèle Medicago truncatula d’un intérêt agronomique important, en utilisant les bases de données moléculaires disponibles sur le web (NCBI et EMBL EBI). Les deux banques de données, ont générés des résultats intéressants et différents de point de vue quantité et nature d’information obtenues, avec plus de résultats générés par GenBank (NCBI) par rapport à la base de donné biologique (EMBL- EBI). La recherche de similitude de séquence utilisant l’outil BLAST (Basic Local Alignment and Search Tool) chez l’espèce modèle Medicago truncatula pour le gène qui code la protéine kinase de type récepteur riche en cystéine a montré des similitudes de séquences significatives par rapport à l’espèce tétraploïde Medicago sativa, ce qui ouvre une perspective de recherche encore plus approfondie en utilisant d’autres bases de données spécialisées afin d’avoir des informations suffisantes et exploitables.
Table des matières
1. Introduction
2. Matériel et Méthodes
2.1. Matériel végétal étudié
2.2. Méthodes
2.2.1. Recherche des gènes et des protéines en relation avec le stress salin en utilisant la base de données NCBI
2.2.2. Recherche des gènes et des protéines en relation avec le stress salin en utilisant la base de données EMBL-EBI
2.2.3. Recherche de similitude de séquences de la protéine kinase de M. truncatula par l’outil BLAST sur NCBI
3. Résultats et discussion
3.1. Résultats de recherche sur les gènes et protéines en relation avec le stress salin obtenu à partir de la base de données NCBI
3.2. Résultats de la recherche sur les gènes et protéines en relation avec le stress salin obtenu à partir la base de données EMBL-EBI :
3.3. Comparaison des résultats des gènes et protéines chez M. truncatula en relation avec le stress obtenu par les deux bases de données NCBI et EMBL-EBI :
3. 4. Résultats de similarité obtenus entre les séquences de la protéine kinase par l’outil BLAST
Objectifs et thématiques de recherche
L'objectif principal de ce travail est d'initier une recherche in silico pour identifier les gènes et protéines impliqués dans la tolérance au stress salin chez la légumineuse modèle Medicago truncatula, tout en comparant les données issues des bases NCBI et EMBL-EBI et en recherchant des similitudes de séquences avec Medicago sativa.
- Analyse comparative des bases de données moléculaires NCBI et EMBL-EBI.
- Identification in silico de la protéine kinase de type récepteur riche en cystéine.
- Étude de la réponse moléculaire au stress salin chez Medicago truncatula.
- Évaluation de la similitude des séquences génétiques et protéiques par l'outil BLAST.
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2. Matériel et Méthodes
Le matériel végétal utilisé est l’espèce modèle Medicago truncatula chez les légumineuses, c’est une plante annuelle, diploïde (2n=16), autogame et possède un génome de faible taille de 5 108 pb.
2 .2. Méthodes
2.2.1. Recherche des gènes et des protéines en relation avec le stress salin en utilisant la base de données NCBI
Accéder à Genbank via le moteur de recherche Google, en écrivant NCBI ou bien accéder directement au site : http://www.ncbi.nih.gov/Genbank/.
Résumé des chapitres
1. Introduction: Ce chapitre présente l'importance économique de la plante modèle Medicago truncatula et souligne la problématique des stress abiotiques, particulièrement le stress salin, sur le fonctionnement cellulaire.
2. Matériel et Méthodes: Cette section décrit les spécificités biologiques de Medicago truncatula ainsi que les protocoles d'utilisation des bases de données NCBI et EMBL-EBI pour l'extraction de données moléculaires.
3. Résultats et discussion: Ce chapitre détaille les résultats de la recherche in silico sur les gènes et protéines liés au stress salin, compare les données des deux bases et présente les analyses de similarité de séquences effectuées via l'outil BLAST.
Mots-clés
Medicago truncatula, stress salin, protéine kinase, recherche in silico, NCBI, EMBL-EBI, BLAST, similitude de séquence, légumineuse, tolérance abiotique, génome, protéine, gène, bioinformatique, récepteur riche en cystéine.
Foire aux questions
Quel est le sujet principal de cette étude ?
Cette étude porte sur l'identification in silico des gènes et protéines associés à la tolérance au stress salin chez la légumineuse Medicago truncatula.
Quels sont les thèmes centraux abordés ?
Les thèmes abordés incluent la bioinformatique, la recherche moléculaire dans les bases de données, l'analyse de similarité de séquences et la physiologie végétale sous stress salin.
Quel est l'objectif de la recherche ?
Le but est de localiser et d'identifier les gènes et protéines impliqués dans la réponse au stress salin en utilisant des outils de recherche web et d'évaluer la conservation de ces séquences.
Quelle méthode scientifique est employée ?
L'auteur utilise une approche de recherche in silico, exploitant les bases de données NCBI et EMBL-EBI, complétée par l'outil d'alignement de séquences BLAST.
Que couvre la section du corps principal ?
Le corps principal couvre les protocoles de recherche dans les bases de données, les résultats chiffrés obtenus pour les gènes et protéines, et l'analyse comparative des similarités entre espèces.
Quels sont les mots-clés définissant ce travail ?
Les mots-clés sont notamment Medicago truncatula, stress salin, protéine kinase, BLAST et recherche in silico.
Pourquoi utiliser Medicago truncatula comme espèce modèle ?
Elle est utilisée pour son génome déjà séquencé, son intérêt agronomique en tant que légumineuse et sa capacité à fixer l'azote atmosphérique.
Quelles différences ont été observées entre les bases NCBI et EMBL-EBI ?
La base NCBI a généré une quantité beaucoup plus importante de résultats concernant les gènes et les protéines liés au stress salin par rapport à la base EMBL-EBI.
Quel résultat a été obtenu concernant Medicago sativa ?
Les résultats d'analyse BLAST n'ont montré aucune similarité significative de séquence pour la protéine kinase entre l'espèce étudiée et Medicago sativa.
Quelle conclusion est tirée sur la protéine kinase de type récepteur ?
La recherche a confirmé la présence de cette protéine kinase chez Medicago truncatula, mais suggère qu'une exploration plus approfondie est nécessaire pour mieux comprendre ses fonctions.
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- PhD Adel Amar Amouri (Author), 2017, Identification et recherche in silico de la protéine kinase de type récepteur riche en cystéine chez la légumineuse "Medicago" en relation avec le stress salin, Munich, GRIN Verlag, https://www.grin.com/document/371811
